猪CAST基因多态性与生物信息学分析

本研究旨在检测巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交F1代CAST基因多态性,并利用生物信息学分析碱基变异对mRNA二级结构以及CASTⅢ型蛋白的影响.结果表明,巴克夏猪、霍寿黑猪、巴克夏猪×霍寿黑猪都存在AA、AC和CC基因型,等位基因A的频率都高于等位基因C.该突变在3个猪群中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),呈中度多态(0.25C使猪CAST基因mRNA序列的二级结构发生一定变化,并且最小自由能增大.p.Arg660Ser导致猪CASTⅢ型蛋白的部分理化性质略有改变,包括分子式、分子量、等电点、不稳定系数、总平均亲水性、正电荷(Arg和Lys)数等.p.Arg660Ser突变未改变猪CASTⅢ型蛋白的二级结构,突变前后都是无规卷曲和α-螺旋占的比例较高.p.Arg660Ser突变不位于猪CASTⅢ型蛋白的保守结构域上,但可导致催化相邻位p.663Ser磷酸化的蛋白激酶数减少.综上,c.1980A>C突变可能对猪CAST基因的转录效率和功能产生一定影响.