BB染色体组野生种花生LTR反转录转座子RT基因的多样性分析

利用简并PCR技术从野生花生种(Arachis ipaensis Krapov.et W.C.Greg.)的基因组中扩增分离Ty1-copia类(1类)和Ty3-gypsy类(2类)反转录转座子RT基因,并对其序列特征、多样性、系统进化关系及转录活性进行分析.结果显示:对于1和2类RT基因,目的条带分别约为260和430 bp;分离获得了23和32条序列,长度范围分别为262～266、395～435 bp;AT所占比例分别为61.60％ ～69.17％和55.79％ ～61.34％;核苷酸序列间相似性分别为52.5％ ～98.9％和45.0％ ～98.8％,氨基酸序列间相似性分别为39.8％ ～100％和9.0％ ～97.2％.其中2类基因的异质性高于1类;1类和2类基因分别有3条和15条发生了无义突变,2类的无义突变发生率远高于1类.1类基因的保守基序保守性较高,2类的保守基序呈一定程度的变异.代表序列的蛋白质三级结构基本类似.聚类分析结果显示,1类和2类基因可被分为5个和6个家族.1类和2类基因都有部分序列与其他物种的RT基因序列亲缘关系较近,表明它们之间可能存在两类反转录转座子的横向传递.通过比对花生EST数据库,本研究发现1类有1条以及2类有7条序列为具有转录活性的反转录转座子,且2类基因比1类更具有转录活性.