PDLIM2对前列腺癌预后影响的生物信息学分析

目的 应用生物信息学技术分析PDLIM2对前列腺癌(PCa)预后的影响,并深度挖掘其基因功能.方法 利用UCSC Xena数据库下载癌症基因组图谱PCa数据,分析并验证PCa组织与癌旁正常组织中PDLIM2表达差异,比较PDLIM高、低表达组患者总生存期(OS)和无进展生存期(PFS).利用Linked Omics数据库对PDLIM2共表达基因进行基因本体富集分析,利用相关数据库基因模块分析PDLIM2与肿瘤免疫细胞浸润程度、肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、免疫检查点(ICP)基因表达及肿瘤干性评分的相关性.结果 与癌旁正常组织相比,PCa组织中PDLIM2 mRNA表达水平较低(P<0.05),而PDLIM2启动子区域甲基化水平较高(P<0.05);且PCa组织中PDLIM2 mRNA表达水平与Gleason评分、分子分型均有关(均P<0.05).生存分析显示,PDLIM2高表达者PFS明显短于PDLIM2低表达者(P<0.05);而PDLIM2高、低表达者OS比较,差异无统计学意义(P>0.05).PDLIM2 mRNA表达与TSPAN4、LGALS1、GAS6、GYPC、LYL1等12198个基因均呈正相关(均P<0.05),与SMARCC1、HOOK1、ZNF24、DNAJC16、FOXA1等7852个基因均呈负相关(均P<0.05).与PDLIM2相关的基因主要富集在胶原代谢过程、整合素介导的信号通路、体液免疫反应、白细胞迁移、IFN-γ产生、急性炎症反应、血管生成等生物学过程.PCa组织中PDLIM2 mRNA表达水平与肿瘤免疫细胞浸润程度、TMB、MSI、38个ICP基因表达及肿瘤干性评分均呈正相关(均P<0.05).结论 PDLIM2可能成为评估PCa预后的生物学标志物和肿瘤免疫治疗的新靶点.