四川省首起登革热本地传播疫情登革病毒全基因组特征及溯源分析

目的 对2019年四川省发生的首起本地传播登革热疫情中检出的登革病毒进行全基因组测序,分析病毒分子生物学特征并探讨其可能的来源.方法 对实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测为阳性的本地病例标本提取核酸并扩增全基因组序列和测序,测序后进行同源性、系统进化分析和变异分析.结果 通过基因扩增和序列测定获得1株病毒全基因组序列和2株包括E基因的全基因组部分序列,全基因组序列全长10 706 bp,编码3 393个氨基酸;同源性和系统进化分析显示,本次疫情流行株与2019年我国广州市分离株、2019年广州市分离的柬埔寨输入株、2019年云南省分离株、2017年越南分离株以及2016年新加坡分离株的同源性较高,系统进化属于同一分支;与登革1型原型株相比本次流行株散在分布有589个核苷酸变异和64个氨基酸突变,但影响毒力的主要氨基酸位点没有改变.结论 2019年四川省首起登革热本地暴发疫情可能由柬埔寨输入病例引起,其病原体为登革1型病毒基因Ⅰ型;本次四川省流行株的毒力相关基因没有明显改变,但其在某些相关区域发生点突变的生物学意义有待进一步研究.