糖尿病视网膜病变伴糖尿病肾病患者转录组学差异分析

目的 应用转录组学技术分析伴与不伴糖尿病视网膜病变(DR)和糖尿病肾病(DN)的T2DM患者的差异表达基因,寻找DR伴DN相关基因.方法 入组T2DM患者14例,其中8例伴DR和DN纳入DNDR组、6例不伴DN和DR纳入DM组.采集患者外周血,分离白细胞,抽提总RNA,反转录为cDNA,构建转录组文库,Illumina?HiSeqTM2000系统测序,取得每份样本转录组数据.以两组间差异基因表达量均数和中位数差异倍数上下调均≥2.0倍为标准,筛选差异表达基因.并行基因本体(GO)显著性富集分析、生化代谢与信号转导通路(Pathway)显著性富集分析、基因关系网络分析.实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测外周血白细胞蛋白激酶C?delta结合蛋白(PRKCDBP)基因、CD177抗原(CD177)基因的mRNA水平,验证转录组测序结果.结果 与DM组比较,DNDR组筛选出差异表达基因98个,其中上调42个,下调56个.GO富集分析显示,差异基因在分子功能、细胞组分、生物学过程中富集最多的条目分别为结合功能、细胞和细胞成分、单一生物过程.Pathway显著性富集分析显示差异基因参与85个Pathway,抗原处理和递呈为富集最显著的Pathway之一,下调最显著的杀伤细胞免疫球蛋白样受体2DS1(KIR2DS1)参与其中.基因相互作用网络分析示差异表达基因中淋巴因子激活的杀伤T细胞来源蛋白激酶(PBK)与PRKCDBP、Ras关联域家族成员6(RASSF6)之间存在相互作用.杀伤细胞免疫球蛋白样受体2DL1(KIR2DL1)与KIR2DS1有相互作用关系.RT-qPCR示DNDR组PRKCDBPmRNA表达量低于DM组、CD177mRNA表达量高于DM组.结论 两组外周血白细胞中有多种差异表达基因,下调基因中的KIR2DL1、KIR2DS1、SPINK4、PRKCDBP,上调基因中的ABHD11-AS1、WNT3、CD177是否与DNDR的发病和进展有关,有待于进一步验证.