应用宏基因组测序技术区分黄热病毒野毒株和疫苗株

目的 鉴别2019年11月在广州口岸入境的来自埃塞俄比亚发热病例是感染黄热病毒野毒株,还是接种黄热病毒疫苗.方法 对入境发热病例的血清样本进行虫媒病毒荧光RT-PCR检测,使用Illumina宏基因组测序平台对血清样本进行宏基因组测序,分析其与黄热病毒野毒株和疫苗株的平均核苷酸一致性(ANIb)序列同源性和系统发育聚类情况.结果 入境发热病例血液样本经实验室检测为黄热病毒核酸阳性,登革病毒、基孔肯雅病毒和寨卡病毒核酸阴性.宏基因组测序检出322条黄热病毒核酸序列,序列组装获得了181 bp DNA序列,非组装序列和组装序列的ANIb分析显示其与黄热病毒疫苗株相似性为96％～100％,而与黄热病毒野毒株序列相似性仅为79％～92％.181 bp组装序列的系统发育树显示其与黄热病毒疫苗株17D聚类,与野毒株不在同一个分支.结论 宏基因组测序证实入境发热病例血液样本中没有检测到黄热病毒野毒株序列,该病例为接种黄热病毒疫苗株17D引起的发热.