MiR-139进化分析、靶基因功能预测以及在猪睾丸组织中的表达分析

为探究miRNA-139进化进程及其潜在靶基因功能,以及miR-139在猪睾丸发育过程中的表达差异和变化规律,本研究通过miRbase数据库获取全物种miR-139成熟序列,在Ensembl数据库中定位miR-139在多物种基因组中的位置;通过MEGA X软件选用邻近法构建关于miR-139的系统进化树;利用RT-qPCR实验技术分析miR-139在沙子岭猪7个时期(D1、D30、D60、D90、D120、D150和D180)的睾丸组织细胞中的差异表达及变化,并使用Targetscan等多个在线软件预测可能与猪miR-139结合的靶基因,对靶基因进行GO和KEGG分析.结果显示:miR-139基因在进化过程中具有较高的保守性;定量结果显示,miR-139在猪睾丸组织7个时期有差异表达,1～90 d的表达水平逐渐降低,在性发育期120 d上升又在150 d有所下降,性成熟期表达水平又显著升高;miR-139靶基因GO和KEGG分析结果显示,miR-139的靶基因主要起结合、转录前调节的作用,多个基因富集在对畜禽繁殖和生长发育有重要调控作用的信号通路;4种在线软件取交集预测保守猪源候选靶基因有25个,为SCHIP1、WDR26、DMD、MIER3、DPYSL5、CANX、ASH1L、AJAP1等.本研究发现,miR-139在物种进化过程中高度保守,并对猪睾丸的生长发育有重要影响作用,这一结果为后续进一步探讨miR-139调控猪精子发生的过程提供了理论基础.