思南黄牛体重和体尺性状的GWAS分析

实验旨在利用全基因组关联分析(GWAS)研究思南黄牛的体重和体尺性状的候选基因及分子标记.选取112头思南黄牛、17头西门塔尔牛以及19头本地杂交牛共计148个个体的外周血样本进行DNA测序.将所有样本检测SNP变异,质控后得到441548个高质量SNP位点.基于SNP位点进行主成分分析、Structure分析和系统发育分析等群体结构分析.主成分分析显示样本牛群具有明显分层,与主成分分析结果相近,系统发育分析结果和主成分分析以及种群结构分析相吻合.基因连锁分析结果发现LD度随距离增加迅速下降.GWAS分别筛选出共计51个与体重和体尺性状相关的SNPs,其中体重23个、体高5个、体长3个、胸宽6个、胸围1个和管围13个,其中24个SNP分别在体重的7个、体高的4个、体长的2个、胸宽的1个和管围的4个共计18个基因内或基因附近,以上结果说明思南黄牛存在与发育、骨骼和肌肉生长性状高度相关的多个基因.这些结果将为思南黄牛品种改良提供重要参考.