Aislamiento y caracterización de una cepa temprana de SARS-CoV-2 durante la epidemia de 2020 en Medellín, Colombia

Resumen Introduccion El nuevo coronavirus causante de un brote de enfermedad respiratoria aguda en China en diciembre de 2019 se identifico como SARS-CoV-2 La enfermedad, denominada COVID-19, fue declarada pandemia por la Organizacion Mundial de la Salud (OMS) El primer caso de COVID-19 en Colombia se reporto el 6 de marzo de 2020;en este estudio se caracterizo un aislamiento temprano del virus SARS-CoV-2 de una muestra recolectada en abril de 2020 Objetivos Describir y caracterizar una cepa temprana a partir de un aislamiento de SARS-CoV-2 durante la pandemia en Colombia Materiales y metodos Se obtuvo una muestra de un paciente con COVID-19 confirmada por qRT-PCR;la muestra fue inoculada en diferentes lineas celulares hasta la aparicion del efecto citopatico Para confirmar la presencia de SARS-CoV-2 en el cultivo, se utilizo la qRT-PCR a partir de los sobrenadantes, la inmunofluorescencia indirecta (IFI) en celulas Vero-E6, asi como microscopia electronica y secuenciacion de nueva generacion (next-generation sequencing) Resultados Se confirmo el aislamiento de SARS-CoV-2 en celulas Vero-E6 por la aparicion del efecto citopatico tres dias despues de la infeccion, asi como mediante la qRT-PCR y la IFI positiva con suero de paciente convaleciente positivo para SARS-CoV-2 Ademas, en las imagenes de microscopia electronica de trasmision y de barrido de celulas infectadas se observaron estructuras compatibles con viriones de SARS-CoV-2 Por ultimo, se obtuvo la secuencia completa del genoma, lo que permitio clasificar el aislamiento como linaje B 1 5 Conclusiones La evidencia presentada en este articulo permite confirmar el primer aislamiento de SARS-CoV-2 en Colombia Ademas, muestra que esta cepa se comporta en cultivo celular de manera similar a lo reportado en la literatura para otros aislamientos y que su composicion genetica esta acorde con la variante predominante en el mundo Finalmente, se resalta la importancia que tiene el aislamiento viral para la deteccion de anticuerpos, para la caracterizacion genotipica y fenotipica de la cepa y para probar compuestos con potencial antiviral Introduction: SARS-CoV-2 has been identified as the new coronavirus causing an outbreak of acute respiratory disease in China in December, 2019 This disease, currently named COVID-19, has been declared as a pandemic by the World Health Organization (WHO) The first case of COVID-19 in Colombia was reported on March 6, 2020 Here we characterize an early SARS-CoV-2 isolate from the pandemic recovered in April, 2020 Objective: To describe the isolation and characterization of an early SARS-CoV-2 isolate from the epidemic in Colombia Materials and methods: A nasopharyngeal specimen from a COVID-19 positive patient was inoculated on different cell lines To confirm the presence of SARS-CoV-2 on cultures we used qRT-PCR, indirect immunofluorescence assay, transmission and scanning electron microscopy, and next-generation sequencing Results: We determined the isolation of SARS-CoV-2 in Vero-E6 cells by the appearance of the cytopathic effect three days post-infection and confirmed it by the positive results in the qRT-PCR and the immunofluorescence with convalescent serum Transmission and scanning electron microscopy images obtained from infected cells showed the presence of structures compatible with SARS-CoV-2 Finally, a complete genome sequence obtained by next-generation sequencing allowed classifying the isolate as B 1 5 lineage Conclusion: The evidence presented in this article confirms the first isolation of SARS-CoV-2 in Colombia In addition, it shows that this strain behaves in cell culture in a similar way to that reported in the literature for other isolates and that its genetic composition is consistent with the predominant variant in the world Finally, points out the importance of viral isolation for the detection of neutralizing antibodies, for the genotypic and phenotypic characterization of the strain and for testing compounds with antiviral potential