草鱼GHRH基因SNPs的筛选及其与生长性状的关联分析

促生长激素释放激素(growth hormone-releasing hormone,GHRH)是调控生长激素释放的重要因子.为探索GHRH基因多态性对草鱼(Ctenopharyngodon idella)生长性状的影响,本研究采用PCR扩增得到GHRH基因的cDNA和DNA全序列(GenBank No.2446387),其中cDNA序列全长为602 bp,DNA序列长为5 244 bp,包含5个外显子和4个内含子.通过直接测序法在该基因上筛选到12个SNP,分别位于核苷酸序列中的第670、1 798、2 340、2 782、3 925、4 227、4 371、4 420、4 497、4 976、5 025和5 232 bp 处.采用SNaPshot技术对12个SNP标记进行基因分型,经一般线性模型分析SNP标记与性状相关性,结果显示,T+3925C、G+4227A、T+4420A、C+4497T、A+4976G和G+5025T标记完全连锁,组成单倍型标记Dl,4个标记与草鱼生长性状存在显著相关性(P＜0.05),分别是C+1798T、T+2340C、A+2782T和单倍型D1标记,其中C+1798T标记的CC基因型个体的体质量性状均值显著高于TT基因型个体(P＜0.05).T+2340C标记TT基因型的体质量、体长、体高和头长的性状均值显著高于CT基因型个体(P＜0.05).A+2782T标记的AA基因型个体的体质量和体长性状均值显著高于其他两种基因型个体(P＜0.05).单倍型D1标记的EE基因型(TTGGTTCCAAGG)体质量性状均值显著高于其他两种基因型个体(P＜0.05).对4个标记进行连锁不平衡分析发现,其两两组合间均处于强连锁不平衡状态(D'＞0.8),具有6种单倍型分别为H1(CTAE)、H2(TTTF)、H3(CTTF)、H4(CTTE)、H5(CCTE)和 H6(TTAE).单倍型组合Hl/Hl(CCTTAAEE)个体的体质量极显著性地高于除H1/H3个体之外的其他单倍型组合(P＜0.01),且比群体平均体质量高9.96％.本研究获得标记C+1798T、T+2340C、A+2782T、单倍型D1标记和单倍型组合H1/H1均与生长性状显著相关,为草鱼分子标记辅助育种提供了候选标记,可加快草鱼良种选育进程.