利用RNA-seq筛选调控当归抽薹主要候选基因

当归提前抽薹严重影响产量,而当归抽薹分子遗传机理尚不清楚.本研究利用RNA-seq技术对连续五代抽薹当归的叶片、茎段、种子、根进行测序,对所有组装后的Unigenes进行功能注释,寻找调控当归抽薹主要候选基因.结果表明:在当归的叶片、根、种子、茎段转录本中分别得到7.1、7.63、7.23、6.59Gb数据,通过Nr、Nt、Swissprot、KEGG、KOG、Interpro、GO、Intersection、Overall 等蛋白数据库进行蛋白质预测,分别预测了71 024、59 931、49 694、51 832、55 320、46 908、35 598、17 133、79 161 个蛋白.所有转录本中80.13％预测蛋白与胡萝卜同源.在KEGG通路中共有2 666个差异表达的基因参与植物信号传导;与拟南芥、胡萝卜、芥菜中参与调控开花相关基因比对,共筛选出56条候选基因,将56条候选基因在NCBI中进行核酸比对,得到与直接控制抽薹AP1转录因子同源的Unigene45683_A11、激活AP1转录因子的整合子FT和FD同源的Unigene11264_A11、参与拟南芥光周期调控基因CO(CONSTANS)的同源基因Unigene4344_A11、在芥菜中促进抽薹整合因子SOC1的表达的AGL24或直接作用于抽薹决定基因LFY的同源基因Uni-gene46836_A11、Unigene7820_A11、CL10006.Contig2_A11.因此,上述候选基因很有可能参与调控当归抽薹相关分子机制.本研究筛选到与当归抽薹相关的候选基因,有助于了解当归抽薹相关分子机制,为挖掘控制当归抽薹相关基因提供理论依据.