川白芷CONSTANS-like蛋白家族生物信息学分析

CONSTANS-like是植物中重要的开花调控基因家族.基于川白芷全长转录组数据库,利用Pfam、CELLO v.2.5、MEME、iTOL、SOPMA在线工具和Bioedit、MEGA 7.0、DNAMAN 6.0、TBtool、Modeller和Pymol软件分析川白芷CONSTANS-like家族蛋白的理化性质,亚细胞定位,保守结构域,系统进化,二级结构和同源建模等.通过荧光定量分析筛选具有潜在调控功能的候选基因.结果 表明,筛选到12个具有完整结构的川白芷COSNTA NS-like(AdCOL)基因.其中AdCOL2为稳定性疏水性蛋白,其他均为不稳定性疏水蛋白,定位在细胞核,具有保守的CCT结构域,但N端B-BOX锌指结构的序列差异较大.12个AdCONSTANS-like家族蛋白质被分为三类,该家族部分成员与大豆和拟南芥亲缘关系较近.AdCONSTANS-like蛋白质三级结构主要在无规则卷曲长度和α-螺旋数量上存在差异.5个AdCONSTA NS-like基因在川白芷早抽薹植株叶片中的相对表达量显著低于正常植株叶片中的表达量.对川白芷CONSTANS-like蛋白家族的系统分析为其功能深入研究提供了一定理论依据.