GNG4、TIMP1在结肠癌诊断及预后价值的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法,筛选可能与结肠癌诊断及预后相关的基因.方法:从基因表达共享数据库(the expression omnbus,GEO)下载结肠癌相关基因芯片GSE37364、GSE41328的cRNA表达谱数据集并筛选差异表达基因(differentially ex-pressed genes,DEGs),分别通过STRING在线数据库、Cytoscape软件、GEPIA在线工具及Metascape在线软件进行DEGs的蛋白互作(protein-protein-interactions,PPI)网络分析、核心基因筛选、预后分析、表达水平验证及通路分析.结果:鉴定出核心基因18个(THY1、BMP4、CD44、CXCL8、GNG4、COL1A2、IL1B、SERPINE1、IGF1、SPP1、COL1A1、HGF、POSTN、TIMP1、CXCL12、GCG、IL6、PTGS2),其中GNG4和TIMP1的高表达可能与预后不良相关,并参与PI3K-AKT、H1F-1、趋化因子等信号通路的调节.结论:本研究为结肠癌诊断及预后研究提供了潜在靶基因,也为解析其分子调控机制提供了线索.