基于微小RNA-mRNA-信号通路调控网络探讨肝细胞癌的潜在生物学标志物

目的 通过构建微小RNA(miRNA)-mRNA-信号通路调控网络,探讨肝癌的潜在生物学标志物.方法 通过GEO数据库获得mRNA和miRNA的表达谱,采用limma包筛选差异表达miRNA(DEmiRNAs)和差异表达mRNA(DEGs).通过miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库进行DEmiRNAs靶基因的筛选,再将DEmiRNAs靶基因与DEGs取交集获得肝癌潜在靶基因.对潜在靶基因进行功能和通路富集分析,使用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA通路调控网络.结果 共筛选出256个DEGs、213个DEmiRNAs和4010个DEmiRNAs靶基因,取交集后获得肝癌潜在靶基因34个;最终得到55对miRNA-mRNA基因对,包括23个潜在靶基因和17个miRNA.潜在靶基因涉及22个生物学过程、8种分子功能、8个细胞组分,主要富集在7个类型的信号通路,包括细胞增殖与死亡、免疫系统、信号转导、运输和分解代谢、癌症、消化系统、氨基酸代谢等.通过构建miRNA-mRNA-信号通路调控网络,得到肝癌的危险基因有FOS、GADD45 G、RNF125、ZBTB16、CXCL12、EGR1等,危险miRNA有hsa-miRNA-195-5p、hsa-miRNA-221-3p等.结论 FOS、CXCL12、EGR1等DEmiRNAs,以及hsa-miRNA-195-5p、hsa-miRNA-221等DEGs,或可为肝癌的诊断和治疗提供新的线索.