利用RNA-Seq技术分析草鱼生长性状相关基因和SNP标记

为开发与草鱼生长性状相关基因及单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记,实验采用转录组测序技术(RNA sequencing,RNA-Seq)对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析,共获得31 465万条高质量短读序(clean reads),经组装得到34 147条拼接基因(unigene),平均长度为1 060 bp,其中有30 751条uni-gene获得注释.在肝脏、肌肉和脑组织中分别筛选到1 013、552和372个差异表达基因,并从中检测到4 580个SNP标记.采用SNaPshot技术对其中34个SNP标记在300尾草鱼生长性状极端群体中进行多态性检测和验证,30个SNP标记分型成功,准确率为88.24％.进一步采用一般线性模型分析30个SNP标记与生长性状的相关性,结果显示,unigene00810126-8014标记CC基因型的体质量、体长、体高、头长和尾柄长性状均值显著高于TT基因型.unigene00810126-2903标记AA基因型的体质量显著高于GG基因型.unigene00870394-525标记AA基因型的体质量和体长性状均值显著高于GG基因型.unigene02938762-011628标记的TT基因型与CC基因型在体质量、体长和头长性状上的差异均达到显著水平.这4个标记位于生长催乳素α[基因(slα)、早期生长反应蛋白-1基因(egr-1)和肌球蛋白重链基因(myh)上.其他标记不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异.其中8个SNP标记在草鱼群体中的平均多态信息含量(PIC)、平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.300、0.377和0.363,表明草鱼选育群体遗传多样性较高.本研究获得与生长性状相关的1 937个差异表达基因和4个SNP标记,为草鱼分子辅助育种研究提供基础资料.