广灵驴SCD基因克隆、生物信息学及组织差异表达分析

[目的]本试验旨在对广灵驴SCD基因CDS区进行生物信息学分析,并检测其在广灵驴组织中的表达,为探究SCD基因在广灵驴脂肪沉积中的作用提供理论参考.[方法]设计SCD基因同源引物,RT?PCR法克隆CDS序列,对SCD基因编码产物进行生物信息学预测,同时使用qRT?PCR法检测广灵驴7个组织中SCD基因的表达量.[结果]广灵驴SCD基因CDS长1080 bp,可编码359个氨基酸,提交到GenBank,获得登录号:MW132164.广灵驴编码序列与马、牛、双峰驼、猪、绵羊、人、小鼠、大鼠的同源性分别为99.4％、89.2％、90.7％、90.1％、89.5％、88.2％、81.2％、82.4％.SCD蛋白分子质量为41.55 ku,等电点为9.29,不稳定指数为45.54,平均疏水指数为?0.146,属于不稳定的碱性亲水蛋白.SCD蛋白既没有信号肽也没有卷曲螺旋,有4个跨膜区,主要定位在内质网.二级、三级结构显示,SCD蛋白主要由α?螺旋(40.67％)和无规则卷曲(40.11％)构成.SCD基因在广灵驴7个组织内都表达,在肝脏、肺脏和皮下脂肪中的表达量最高,心脏和背最长肌最低.[结论]本研究结果可为今后探究SCD基因在广灵驴脂肪沉积中的功能,以及提高广灵驴乳肉品质奠定基础.