猪成纤维细胞敲减卵泡抑素基因后的生物信息学分析

在哺乳动物中,卵泡抑素(follistatin,FST)不仅参与生殖调控,还与肌肉生长、脂肪沉积等显著相关.为了探究该基因在成纤维细胞中的生物学功能,本研究利用二代测序技术对敲减FST基因的猪成纤维细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因,并利用在线生物学软件对差异基因进行GO功能注释及生物学通路富集分析.结果发现,敲减FST基因后共有370个基因显著上调,287个基因显著下调.与细胞增殖、凋亡相关的HOXA6、PARP 14、ZBP 1、NDUFB 9、RAB 13、FAM83D、THBS 1和BTF 3基因以及与疾病相关的ZNF 354C、RNF 213、IFIT1、CCL5和VPS 13C基因均发生了显著变化.这些差异基因共得到51个GO功能注释,生物过程分类下的生物调节、细胞过程、代谢过程、单一生物过程和细胞组分分类下的细胞器、细胞区域、细胞及分子功能分类下的黏合条目下聚集的差异基因数量最多,均>200个.共发现12条显著富集的通路,包括3条与细胞增殖相关的通路(p53信号通路、细胞周期和真核生物中核糖体的生物发生),4条与疾病相关的通路(阿尔茨海默氏病、沙门氏菌感染、亨廷顿病和非小细胞肺癌),2条与肌肉收缩相关的通路(血管平滑肌收缩和心肌收缩)以及泛素介导的蛋白水解作用、肌动蛋白细胞骨架的调节和缝隙连接通路.以上研究结果表明,在成纤维细胞中敲减FST基因后,与细胞增殖分化和部分疾病相关的基因和生物学通路被显著富集,暗示FST基因在成纤维细胞的创伤修复过程中发挥重要的作用.