猪睾丸组织与雄性生殖相关circRNA鉴定

为研究环状RNA(circRNA)在杜洛克和大白猪睾丸中的表达差异,采用去除组织总RNA中核糖体RNA(rRNA)和线性RNA的方法构建特异性猪睾丸circRNA文库,并在Illumina PE150平台上进行测序,测序数据经过质控、比对、拼接后得到用于后续分析的数据.运用生物信息学软件find_circ和CIRI识别circRNA,并进行表达水平统计,从而得到猪睾丸组织circRNA表达谱,然后用DEseq2进行组间表达差异分析,对差异表达circRNA进行功能富集分析以筛选与雄性生殖相关的circRNA.结果发现,共识别到21 743个circRNAs,其中632个circRNAs在杜洛克和大白猪中的表达差异显著(|log2(FoldChange)|＞1,P＜0.05),在杜洛克猪上调表达的circRNAs有281个,下调表达的有351个.差异表达circRNA富集结果显示,有52个GO条目与繁殖相关,其中有9个与雄性生殖相关.经进一步筛选鉴定,有6个与雄性生殖相关的circRNAs(circ_0030058、circ_0009504、circ_00178101、circ_0019933、circ_0033379和circ_0017932),它们可能参与精原细胞分化、精子发生和精子细胞发育等生物学过程.综上所述,杜洛克和大白公猪睾丸中存在表达丰度不同的circRNA,这些circRNA可能参与精子生成,可以作为预测公猪生育能力的生物标记.