纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构的研究

本试验对纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪肠道菌群结构特性及差异性进行了研究,旨在从猪肠道微生物的角度揭示纯种柯乐猪耐粗饲特性及巴×柯杂交猪对青绿饲料的适应能力,为后期微生物添加剂的设计、柯乐猪杂交利用及标准化养殖提供依据.纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪在同等条件下养殖,达屠宰体重后( 100 kg左右) ,随机各选3头屠宰,取十二指肠、空肠、回肠、结肠内容物,进行高通量测序和生物学信息分析.结果显示:纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪各肠段Alpha多样性指数差异不显著( P＞0.05) ;Beta多样性分析显示,2个品种猪大部分样品交叉聚集到一起;肠道菌群结构分析显示,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪小肠阶段以厚壁菌门( Firmicutes) 、变形菌门( Proteobacteria)和放线菌门( Actinobacteria)为优势菌门,到了结肠阶段则是以拟杆菌门( Bacteroidetes)和厚壁菌门为优势菌门;纯种柯乐猪与巴×柯杂交猪结肠中有大量的纤维分解菌属,巴×柯杂交猪结肠中月形单胞菌属( Selenomonas)和脱硫弧菌属( Desulfovibrio)的相对丰度显著或极显著高于纯种柯乐猪( P＜0.05或P＜0.01),而消化球菌属( Peptococcus)、聚乙酸菌属( Acetitomaculum) 、Leeia的相对丰度则显著低于纯种柯乐猪( P＜0.05) ;LEfSe分析后发现纯种柯乐猪结肠中富集着大量的产短链脂肪酸菌,其中纤维降解菌有聚乙酸菌属、瘤胃球菌科的不可培养瘤胃细菌4C0d 17 ( uncultured rumen bacterium 4C0d 17) 、Leeia、拟杆菌纲、拟杆菌目,与纤维降解菌起协同作用的菌群有考拉杆菌属( Phascolarctobacterium) 、考拉杆菌属的un-cultured Veillonellaceae bacterium;巴×柯杂交猪结肠中富集的纤维降解菌有月形单胞菌属、柔嫩梭菌( Clostridium leptum) .上述结果表明,在整个肠道菌群结构上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的优势菌在类别上非常接近,体现了环境相同效应,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的肠道菌群结构相对稳定且相似度高;在属水平上,纯种柯乐猪和巴×柯杂交猪的结肠中纤维降解菌表现出差异,纯种柯乐猪结肠内纤维降解菌的比例较高,说明引入外源血对肠道菌群结构有一定的影响,巴×柯杂交猪对粗纤维的消化能力较弱于柯乐猪.