La négativité persistante des prélèvements nasopharyngés est-elle fiable pour éliminer une pneumonie au SARS-CoV-2 chez un patient en quarantaine post-exposition ?

Introduction La detection du SARS-CoV-2 dans la maladie a coronavirus 2019 (COVID-19) repose sur un test par RT-PCR effectue a partir d’un ecouvillon oro- ou nasopharynge (ENP). Nous rapportons ici le cas d’un patient contact de sujets confirmes au sein du cluster des Contamines-Montjoie, Haute Savoie, qui a developpe au cours de son suivi une pneumonie associee au SARS-Cov-2 diagnostiquee par une aspiration endotracheale (AET) testee positive alors que l’ensemble des ENPs realises sont restes negatifs. Materiels et methodes Les caracteristiques cliniques du patient ont ete suivies quotidiennement pendant la quarantaine dans un hopital tertiaire francais. Le diagnostic du SARS-Cov-2 etait base sur un test par RT-PCR developpe par le Centre National de Reference pour les virus respiratoires ciblant le gene RdRp. D’autres pathogenes pulmonaires ont ete recherches en utilisant un FilmArray® RP2 + (BioFire Diagnostics, SLC, Etats-Unis). Resultats Un homme de 53 ans avec pour seul antecedent une dyslipidemie traitee a ete hospitalise pour une mise en quarantaine apres avoir ete en contact avec des cas confirmes de COVID-19. A l’admission, le patient etait asymptomatique et l’ecouvillon nasopharynge etait negatif pour la detection du SARS-CoV-2. Au jour 5, il a presente une fievre isolee (38,1 °C), sans signe d’infection des voies respiratoires hautes ou basses. La radiographie thoracique realisee au jour 6 montrait un discret syndrome interstitiel bilateral bi-basal. Une tomodensitometrie thoracique realisee au jour 7 montrait des images eparses en verre depoli de localisation peripherique au niveau du lobe inferieur gauche et du lobe moyen. Au niveau biologique, la seule anomalie identifiee etait un minime syndrome inflammatoire (proteine C reactive a 12 mg/L). La fievre a persiste 3 jours avec un maximum mesure a 38,5 °C. Les autres parametres cliniques - dont la SpO2 - sont restes normaux, sans survenue d’autre symptome jusqu’au jour 9, ou le patient a presente une toux seche associee a une rhinorrhee. Une AET a ete realisee au jour 8 et est revenue positive pour le SARS-CoV-2. Ce resultat a ete confirme par un crachat induit le jour 9, tandis que l’ENP est demeure toujours negatif. La recherche d’autres pathogenes respiratoires etait negative (ENP et AET). Le suivi clinique de ce cas est toujours en cours. Conclusion Il s’agit de la premiere description de resultats dissocies entre un ENP negatif de maniere persistante et une AET positive chez un patient atteint d’une pneumonie liee au SARS-CoV-2. Cette observation suggere que pour les patients a haut risque de COVID-19, meme des symptomes benins (comme un febricule isole) devraient inciter les cliniciens a effectuer une tomodensitometrie thoracique et un prelevement des voies respiratoires inferieures pour depister l’infection.