H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列测定方法的建立
Chinese Journal of Virology（2018）
摘要
建立以Sanger测序为基础的H9N2亚型禽流感病毒全基因组测序方法.从GenBank和GISAID数据库中选取2000至2012年中国地区和中国国家流感中心病毒序列数据库中H9N2亚型禽流感病毒的8个片段基因序列,通过比对分析在相对保守的区域设计分段扩增引物,共16对.选用1株病例分离毒株和4株环境分离毒株对引物进行验证和进一步优化.优化后的16对引物能够有效扩增5株H9N2亚型禽流感病毒,仅个别反应出现非特异扩增.所有获得的目的片段仍能有效进行后续测序实验.建立了一种能够有效获得新型重配H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列的Sanger测序方法,为该病原分子流行病学研究和开展风险评估提供技术支撑.
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