江口萝卜猪UCP3基因变异及其表达量与肉质性状关联性分析

解耦联蛋白3(uncoupling protein 3,UCP3)作为重要调控蛋白,主要参与机体能量代谢调节,在脂质代谢,脂肪酸氧化和脂肪沉积中起着重要作用,对氧化磷酸化反应途径是否产生ATP起决定性作用.为研究UCP3基因与猪肉质性状之间的关系,本研究测定了165头江口萝卜猪(Sus scrofa)11项肉质性能指标,利用混合DNA池扩增UCP3基因全部外显子,测序筛选SNPs位点,用单个样本DNA扩增SNPs位点对应外显子并测序,以验证位点和分型,分析各位点不同基因型江口萝卜猪肉质性能差异.采用qRT-PCR检测了UCP3基因在背最长肌中的表达量,进行基因型、肉质性能以及基因表达量的相关性研究.研究结果发现了6个SNPs位点,g.3127A>G、g.3205T>C、g.10439C>T、g.10441C>A、g.10466G>A、g.10479A>G/T.群体遗传参数分析发现除g.10479A>G/T位点外的其他位点杂合度高,说明群体内等位基因分布比较均匀;有效等位基因数高,表明群体内变异程度大;多态信息含量均大于0.25,为中度多态,表明位点可以提供一定的遗传信息.χ2检验显示6个位点均极显著偏离Hardy-Weinberg平衡.连锁不平衡分析发现,g.3127A>G和g.3205T>C位点、g.10439C>T和g.10466G>A位点为完全连锁不平衡,g.10439C>T、g.10441C>A、g.10466G>A、g.10479A>G/T之间为强连锁不平衡.SNPs位点与肉质的关联性分析发现g.10479A>G/T位点TT型和GG型个体大理石纹评分显著高于AA型和AG型个体,剪切力则反之;基因型与背最长肌中UCP3基因表达量的关联性分析发现,g.10439C>T、g.10441C>A、g.10466G>A以及g.10479A>G/T 4个位点上均为突变型个体表达量极显著高于另外两种基因型;UCP3基因在背最长肌中的表达量与两项肉质指标存在极显著相关性,其中与剪切力负相关,与肌内脂肪含量正相关.本研究结果表明,g.10439C>T、g.10441C>A、g.10466G>A以及g.10479A>G/T位点为影响江口萝卜猪肉质性能的重要SNPs位点,且UCP3基因表达量提高有利于肌内脂肪的沉积,此研究结果为筛选有助于江口萝卜猪肌内脂肪沉积的分子标记提供了参考依据.