基于BLAST与比较基因组学方法计算鉴定青鳉鱼的microRNA前体

microRNA (miRNA)是一类长度为18～25 nt的单链小分子RNA.它可以调控基因的表达调控.通过与目标mRNA的特定位点的结合,从而抑制蛋白质的翻译或诱导该mRNA的降解.目前鱼类miRNA方面以斑马鱼miRNA的研究较多.为发掘另一种鱼类模式生物——青鳉鱼(Oryzias latipes,medeka)的miRNA,利用BLAST同源搜索方法与比较基因组学方法,并根据成熟miRN的序列保守性以及miRNA前体(premiRNA)的二级结构的特征,对该模式生物的pre-miRNA进行了计算鉴定与分析.通过与miRBase19中已经发布的miRNA进行比较,在青鳉鱼基因组中共找到了56条新序列.设定miRNA基因间距的阈值为5 000 nt,新发现的与已知的pre-miRNA共形成31个基因簇.同时,这56条新发现的pre-miRNA可以划分到33个已知的基因家族中,并分析了新发现的、保守miRNA的靶标与功能.