猪流行性腹泻病毒jiaozuo1012/2019株的分离鉴定及遗传进化分析

为确定2019年河南焦作某猪场哺乳仔猪发生腹泻的病因,本研究采用RT-PCR方法对该发病猪场送检的5份仔猪肠内容物样品进行仔猪腹泻相关病毒检测,对检测的猪流行性腹泻病毒(PEDV)阳性样品进行病毒分离,对分离的PEDV S基因和ORF3基因进行PCR扩增,并分析这两个基因与GenBank中的PEDV参考株相应基因的同源性及遗传进化分析.结果显示,送检的5份猪肠道内容物样品PEDV检测结果均为阳性,而猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)的检测结果均为阴性;将随机选取的1份PEDV阳性样品接种Vero细胞并经传代培养,对培养5代的病毒经PCR检测表明分离到一株PEDV,并将其命名为jiaozuo1012/2019株;基于S基因同源性分析结果显示,该分离株与河南分离的PEDV CH/HNLH/2015株同源性最高,为99.3％,与近期河南分离株的同源性为96.4％～99.0％,与经典PEDV CV777株的同源性较低为93.4％.分离株S基因编码的氨基酸在aa59～aa62位存在4个氨基酸(59QGVN62)的插入,在aa140和aa163～aa164分别存在1个和2个氨基酸的缺失(140N和163NI164);ORF3基因的同源性分析结果显示,分离的PEDV与江苏分离的PEDV JSCZ1601株的同源性最高,为99.7％,与近年来河南分离株的同源性为98.5％～99.6％,与经典株CV777的同源性较低为96.6％;S基因与ORF3基因的进化树结果显示,该分离株与目前国内流行株遗传关系最近.上述结果表明,本研究分离的PEDV具有近年来新流行PEDV株的序列特征,与经典PEDV株具有相对较远的遗传进化关系.本研究为进一步探究PEDV在河南地区的变异规律提供了参考依据.