靶向果蝇Kr-h1基因的miRNA预测及其生物信息学分析

目的 预测靶向果蝇Kr-h1(Krǜppel homolog1)基因的miRNA,并对其生物学功能及相关生物信息学进行分析,为进一步研究miRNA通过调控Kr-h1的表达而参与保幼激素(juvenile hormone,JH)对果蝇变态发育的调控奠定基础.方法 通过microT-CDS、Targetscan和miRanda在线预测网站,对靶向Kr-h1基因的miRNA进行预测,对预测得到的多个miRNA按靶向结合可能性的大小进行汇总,3个网站均能预测到的miRNA为交集miRNA,对交集miRNA的靶基因及Kr-h1基因进行生物信息学功能分析.结果 microT-CDS、Targetscan和miRanda分别预测到30、7和11个靶向Kr-h1的miRNA,其中交集miRNA有4个,为miR-8、miR-277、miR-927和miR-964.功能分析发现,交集miRNA的靶基因主要参与细胞过程、生物过程和代谢过程,Kr-h1基因主要与昆虫生长发育及生殖相关.结论 潜在靶向Kr-h1的miRNA涉及多个生物学过程,与昆虫的生长发育密切相关.