款冬转录组SSR标记开发及其多态性研究

目的 分析款冬转录组数据的简单重复序列标记(SSR)位点信息并设计特异引物,以期为款冬分子标记辅助育种提供有力工具.方法 对款冬转录组测序数据库中长度1kb以上的18 938条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择55对SSR引物分析18份不同来源款冬材料的多态性.结果 共搜索到4 688个SSR位点,分布于3 844条unigene中,SSR出现频率为24.75％,平均7 979bp含1个SSR位点.SSR位点中三核苷酸重复类型出现频率最高(37.12％),其次是单核苷酸重复(32.36％)和二核苷酸重复(28.20％).共有60种重复基元,其中A/T(31.42％)、AG/CT (12.80％)、ATC/ATG (9.62％)是优势重复基元.随机选择55对引物进行多态性验证分析,其中42对有扩增产物,14对具稳定可重复的多态性;利用UPGMA作图,将18份样品分为3类.结论 款冬转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富,多态性高,为其遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等研究提供了候选分子标记.