基于RNA-seq分析黄曲霉毒素B1诱导大鼠肝癌的可变剪接事件

目的 探讨黄曲霉毒素B1(aflatoxin B1,AFB1)诱发大鼠致肝癌的可能机制及其阻断肝癌分子机制的可变剪接事件.方法 构建AFB1诱发大鼠致肝癌模型,提取大鼠肝组织总RNA,采用Illumina HiSeq 2000测序平台对大鼠肝组织进行RNA-seq测序,以大鼠基因组数据为参考,纳入目前已知的具有多种可变剪接存在的332个参考基因,鉴定和分析大鼠基因组的可变剪接基因,并对具有差异表达的可变剪接基因进行GO分类的生物过程(biological process,BP)富集分析.结果 RNA-seq测序结果显示,未成癌组与对照组有18个基因的可变剪接模式存在较大差异,差异基因主要富集在刺激反应功能上;成癌组与对照组有37个基因的可变剪接模式存在差异,差异基因主要富集在刺激反应和细胞增殖调节功能上;成癌组与未成癌组有32个基因的可变剪接模式存在明显差异,差异基因主要富集在细胞增殖调节功能上.成癌组发现7个与细胞增殖调节相关基因的可变剪接模式发生异常,其中成癌组、未成癌组和对照组IgfI、Carm1、Tcfe2a基因的可变剪接模式存在显著差异.结论 IgfI、Carm1、Tcfe2a基因的可变剪接改变可能在AFB1诱导大鼠肝癌形成过程中发挥重要作用.