HIV-1CRF01_AE毒株gp41蛋白生物信息学预测

目的:对HIV-1 gp41蛋白的膜外区和跨膜区进行预测,并分析该蛋白的结构和功能.方法:从NCBI GenBank数据库获取gp41基因及其蛋白编码序列,利用ExPASy ProtParam tool、ProtScale、SignalP 4.0 Server、TMHMM Server v.2.0、SWISS-MODEL、PredictProtein等工具对gp41蛋白的生物学特性进行预测.结果:HIV-1 gp41基因ORF长度为666 bp,编码222个氨基酸,蛋白分子式为C114H1815N317O325S6,等电点(isoelectric point,pI)=8.60,属于稳定、疏水性蛋白.该蛋白具有跨膜区,信号肽切割位点位于第20和21位氨基酸处.其二级结构由无规则卷曲、β折叠和α螺旋组成,属于全螺旋型蛋白.而且该蛋白具有N-端信号肽,能引导蛋白分泌到胞外.此外gp41蛋白具有4个蛋白质-蛋白质和1个蛋白质-核酸结合位点,这些位点能调控gp41蛋白的多种生物学功能.结论:对gp41蛋白的结构和功能进行了预测,为深入研究其参与疾病发生发展的分子机制奠定了基础.