生物信息学分析长链非编码RNA在结肠癌中的调控网络

目的 通过生物信息学方法了解长链非编码RNA(lncRNA)在结肠癌中的分子调控网络.方法 利用lncRNA疾病数据库预测并筛选得出与结肠癌相关的lncRNAs作为研究对象;运用Starbase v2.0软件预测与lncRNAs相互调控的miRNAs,并利用HMDD v2.0数据库筛选出与结肠癌相关的miRNAs.进一步利用Consite转录因子数据库分别预测出各lncRNA和miRNA的转录因子并各自取交集后筛选出与结肠癌相关的转录因子.运用miRwalk在线软件分别预测各miRNA的靶mRNA,用一致法筛选后得出共同靶基因,并绘制出lncRNA在结肠癌的分子调控网络图.结果 通过lncRNA疾病数据库查询得出与结肠癌相关性最高的前3个lncRNAs为H19、HOTAIR和MALAT1.在Starbase v2.0中预测得出上述3个lncRNAs的共同靶miRNAs为miR-17、miR-20a、miR-20b、miR-93、miR-106a、miR-106b、miR-519d.经HMDD v2.0查询证实与结肠癌相关的miRNAs共90个,与上述7个miRNAs取交集后得出miR-17、miR-20a、miR-106a和miR-106b与结肠癌相关.Consite预测得出3个lncRNAs的共同转录因子为E74A、ARNT、Thing1-E47、Hunchback、Snail;4个miRNAs的共同转录因子为Sox-5、FREAC-4、Sox-17、ARNT、Snail,两者共同转录因子取交集后证实与结肠癌相关的有ARNT、Snail、Sox-17.miRwalk软件预测这4个miRNAs的共同靶基因为HLF、SORL1、ZFYVE26、PFN2、PKD2、PKN2、PTPN4、RBL2、WEE1、FZD3、RGL1、MKRN1、C7orf43、NTN4、ZFP91等,其中PKD2、PKN2、WEE1、ZFP91参与结肠癌的发生、发展.所有基因形成调控环路,参与结肠癌的发生与发展.结论 运用生物学软件对结肠癌相关的lncRNAs分子调控网络进行分析,为进一步阐明结肠癌的分子发病机制,并为后续的实验研究提供线索.