基于高通量测序的多重耐药大肠埃希菌HX43耐药分子机制分析

目的 通过高通量测序法对多重耐药大肠埃希菌HX43进行耐药分子机制的研究. 方法 用Illumina Miseq平台对HX43进行高通量测序,用Edena、RAST、ResFinder、MLST和BLAST等生物信息学工具或数据库进行数据分析,获得耐药基因相关序列数据. 结果 HX43对多种临床常用抗生素均不敏感,仅对碳氢霉烯类药物敏感.对高通量测序数据的分析研究发现,该菌存在多种耐药基因,包括β-内酰胺类耐药基因3个(blaCMY-42、blaCTX-M-14和blaOXA-30),氨基糖苷类耐药基因5个(aac(3)-IIa、aadA5、 strA、 strB和aac(6′)-Ib-cr),喹诺酮类耐药基因1个(aac(6′)-Ib-cr),磺胺及甲氧苄啶类耐药基因3个(sul1、sul2和dfrA17),四环素耐药基因1个(tet(B)),氯霉素耐药基因2个(catB3和cmlA1),大环内酯类耐药基因2个(erm(B)和mph(A)).对包含blaCMY-42的contigs进行分析,发现该基因与ISEcp1插入序列、blc和sugE等基因相关联.质粒分型发现HX43携带5种不相容群的质粒.多位点序列分型(MLST)分析发现HX43属于ST3835,为国内外较少见的序列型.结论 高通量测序技术可准确获得临床菌株抗生素耐药的相关基因信息,为临床抗菌治疗提供重要的实验室数据支持.