基于转录组序列的乌桕SSR分子标记开发

为了开发乌桕(Triadica sebifera (L.) Small)的简单重复序列(SSR)分子标记,利用Illumina HiSeq 2500测序平台对乌桕嫩叶进行转录组测序,基于测序获得的59 441条Unigenes数据,利用MISA软件进行SSR位点鉴别,通过普通PCR和毛细管电泳筛选稳定可靠的多态性SSR标记.结果 表明:从乌桕59 441条Unigenes中鉴定出7 344个包含1～6个核苷酸重复类型的SSR位点,出现频率为12.36％;单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸为优势重复类型,其数量和占比分别为2 946 (40.11％)、2 314 (31.53％)和1 958 (21.87％).从120对随机选择的SSR引物中筛选出了10对扩增效率高、稳定性好的多态性SSR引物.本研究为乌桕现存资源的遗传多样性研究、遗传图谱构建提供了有价值的候选标记.