三色堇4,5-多巴雌二醇双加氧酶基因的克隆及生物信息学分析

本实验以三色堇(Viola wittrockiana)的花瓣为研究材料,提取其总RNA,通过RACE (rapid-amplification of cDNA ends)技术扩增4,5-多巴雌二醇双加氧酶(4,5-DOPA dioxygenase extradiol)基因的cDNA全长,并对其进行生物信息学分析.本实验成功克隆VwDODA的cDNA全长1 055 bp,其中3’端非编码区157 bp,包含29bp Poly(A),5’端非编码区103 bp,其开放阅读框为795 bp,编码263个氨基酸.通过NCBI的BLAST比对表明VwDODA编码的氨基酸序列与其他植物相关基因的相似性达到80.29％,与大豆(Glycine max)亲缘关系最近.通过生物信息学分析软件对VwDODA的蛋白质结构与功能进行预测,结果表明VwDODA是一种亲水稳定蛋白,不存在跨膜区域和信号肽,分子式为C1337H2026N356O38487,等电点为6.70,分子量为29 455.37.本研究为将来三色堇中甜菜色素与花色素的互斥现象研究打下了基础.