香蕉miR408b靶基因Chemocyanin的克隆及其在低温胁迫下的表达分析

[目的]研究香蕉中miR408b及其靶基因Chemocyanin在低温胁迫下的表达模式和调控机制.[方法]以三明野生蕉和'天宝蕉'叶片为材料,利用RT-PCR和RACE技术克隆获得三明野生蕉中的MiChemocyanin基因(MiCHY)和'天宝蕉'中的MaChemocyanin基因(MaCHY),利用在线网站对MiCHY进行生物信息学分析.[结果]MiCHY基因的cDNA全长为587 bp,开放阅读框381 bp,编码126个氨基酸蛋白,具有Plantacyanin结构域,属于超铜氧化还原蛋白家族.在ORF区的4～24 bp处有一处高度匹配miR408b的结合区(GCTCAGGGAAGGGGCAGTGCG).RLM-5'RACE分析表明,miR408b主要在靶序列的第7～8个碱基之间剪切靶基因MiCHY的mRNA.序列比对发现,MaCHY基因比MiCHY基因多了82 bp的序列,符合内含子的GT-AG剪切,推测发生了内含子驻留的可变剪接.保守结构域分析表明MaCHY没有Plantacyanin结构域,但也属于铜氧化还原蛋白家族.qRT-PCR结果表明,低温胁迫下,冷敏感的'天宝蕉'miR408b的表达量上升,MaCHY的表达量降低;在抗寒的三明野生蕉中,miR408b的表达量下降,MiCHY表达量上升,miR408b与MiCHY表达量呈负相关.[结论]miR408b及其靶基因MiCHY可能在香蕉响应低温胁迫中发挥重要作用.