福建省一株猪瘟病毒流行毒株全基因组序列测定与分析

根据GenBank公布的猪瘟病毒(CSFV)标准参考毒株全基因组序列,设计11对引物,应用RT-PCR方法分别对11个片段进行福建流行毒株CN-FJLY的全基因组扩增,与参考毒株进行序列分析比较.结果表明,福建流行毒株CN-FJLY基因组全长为12296 bp,与参考毒株SXCDK、HEBZ、GXWZ02、HN-LY-2011和Zj0801的全基因组核苷酸同源性为93.0％～97.0％,而与1.1亚群的中国强毒Shimen、疫苗株HCLV全基因组核苷酸同源性为84.4％～85.3％.基于全基因组及E2基因构建的遗传进化树分析结果表明福建流行毒株CN-FJLY属于2.1b亚群,与Shimen株、HCLV疫苗株亲缘关系较远.与HCLV相比较CN-FJLY基因组变异较大的是5′UTR、Ems、E2、p7、NS2、NS5A、NS5B和3′UTR.综上说明福建省猪瘟病毒流行毒株正在向远离疫苗株的方向变异.