江口萝卜猪钙调磷酸酶调节亚基编码基因(PPP3R1)多态性研究

钙调磷酸酶(CaN)对于肌纤维类型的转化起关键作用,所以其调节亚基(CnB)编码基因(PPP3R1)对于畜禽肉质性状有着重要影响.该试验以江口萝卜猪为研究对象,采用混合DNA池测序的方法研究钙调磷酸酶调节亚基基因(PPP3R1)外显子多态性.运用生物信息学分析软件预测了SNPs突变位点对基因编码的mRNA二级结构、蛋白质的理化性质、蛋白质二、三级结构的影响.结果 表明,在江口萝卜猪PPP3R1基因中共检测到6个SNPs位点,分别为Exon2-T23＞G、Exon3-G41＞A、Exon3-T52＞G、Exon3-C116＞T、Exon4-A35＞G、Exon6-T56＞C.其中,Exon2-T23＞G、Exon3-T52＞G为错义突变,会导致氨基酸序列第9位和第32位的亮氨酸变为色氨酸.生物信息学分析发现,所有突变位点均不改变mR-NA二级结构,但Exon3-T52＞G和Exon3-C116＞T突变会使二级结构最小自由能增加,导致稳定性降低.蛋白理化性质分析发现,CnB蛋白为较稳定的亲水性蛋白,不是分泌蛋白,两个位点突变后会增加其稳定性和亲水性.Exon3-T52＞G位点对蛋白二、三级结构无影响,Exon2-T23＞G位点则会导致蛋白二、三级结构的改变,稳定性略微降低.