猪繁殖与呼吸综合征病毒华南株GDjm全基因组测序与遗传进化分析

为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)基因变异情况,对广东地区某猪场患有猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)仔猪的肺脏样品进行检测及病毒分离,在猪肺泡巨噬细胞(PAM)上成功分离1株病毒并命名为GDjm株,然而分离的毒株不能感染Marc-145细胞.全基因组进化分析、同源性比对及重组分析结果显示,GDjm属于重组毒株,与GDZS2016的同源性为96.2％,与中国高致病性毒株HUN4同源性为96.0％,与美洲型经典毒株VR-2332的同源性为87.4％,与NADC30同源性为82％,与欧洲型毒株Lelysud-virus同源性为57.9％.NSP2序列比对和同源性分析结果显示,GDjm与高致病性毒株HUN4、JXA1、JXwn06相似,在511、534～562位存在氨基酸缺失.GP5序列比对以及同源性分析结果显示,GDjm毒株在GP5抗原表位存在氨基酸突变.经重组分析得出GDjm株为高致病性毒株HUN4与华南地区流行毒株GDZS2016的重组毒株,重组区域为6 723～9 521 bp、11 998～15 019 bp.