昆明犬PPARGC1A基因编码区克隆及生物信息学分析

文章旨在获得昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析.根据GenBank中公布的序列设计一对特异性引物,采集昆明犬的肌肉组织提取总RNA,反转录成cDNA.以cDNA为模板进行RT-PCR扩增,并获得目的基因片段,将其插入载体,利用生物信息学软件对所获序列进行分析.试验成功克隆出昆明犬基因,cds长度为2246 bp,共编码724个氨基酸序列.比对结果显示,昆明犬PPARGC1A基因与参考序列的同源性为100％.同源性比对结果昆明犬PPARGC1A基因的同源性与赤狐(登录号:XM_025997319.1)、野牦牛(登录号:XM_005897079.2)、牛(登录号:NM_177945.3)、人(登录号:NM_013261.5)、家鼠(登录号:NM_008904.2)、卡氏小鼠(登录号:XM_021162167.2)、欧亚野猪(登录号:NM_213963.2)的同源性分别为99.6％、95％、95％、95.4％、91.7％、91.6％、95％.系统进化树分析发现,昆明犬与家犬的遗传距离最近,与小鼠遗传关系最远.PPARGC1A蛋白分子质量0971.82 ku,理论等电点pI为11.20.氨基酸组成亮氨酸Leu(L)占比最高,比例为11.3％.PPARGC1A蛋白不稳定性指数(Ⅱ)为59.16,这表明PPARGC1A基因编码蛋白质分类是不稳定的.脂肪指数为81.60,平均亲水系数(GRAVY)为-0.336,表明此蛋白亲水性差,脂溶性强.昆明犬PPARGC1A编码蛋白存在1个跨膜结构,二级结构预测昆明犬PPARGC1A蛋白中α螺旋、延伸链、β转角及无规则卷曲分别占28.04％、20.99％、6.77％、48.62％,三级结构与二级结构相一致.试验成功克隆出昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析,为研究PPARGC1A基因对警犬的肌肉形成机理和产能等影响提供理论依据.