一株猪流行性腹泻病毒的分离培养及其ORF3、sM和N基因的序列分析

研究旨在克隆猪流行性腹泻病毒(PEDV)HuN-HY1902毒株N、sM、ORF3基因并进行序列分析,为PEDV的临床防控提供依据.采用Vero细胞进行病毒分离培养,免疫过氧化酶单层细胞染色法进行病毒鉴定;RT-PCR扩增PEDVHuN1902毒株N、S、sM、ORF3基因,经纯化后进行序列测定,利用DNAStar、Mega等生物信息学软件进行序列分析.RT-PCR扩增得到PEDV ORF3、N、sM片段大小依次为744bp、1400bp、和1100 bp.该毒株ORF3基因核苷酸序列与PEDV/USA/Missouri130/2015毒株相似性最高,为99.7％;sM基因核苷酸序列与CH/SCMY/2018和BJ-2011-1相似性最高毒株,为96.3％;N基因核苷酸序列与CH/SCMY/2018毒株相似性最高,为98.6％;ORF3、N和sM基因核苷酸序列与疫苗毒株CV777依次为96％、95.1％和93.9％.进化分析显示,该毒株的ORF3、sM和N基因的核苷酸序列与2018年流行毒株CH/SCMY/2018处于同一分支,而与经典毒株CV777、SM98的亲缘关系较远.所分离培养的毒株命名为PEDV HuN-HY 1902毒株,为新流行的变异毒株.