水稻全基因组测序揭示的粳稻与籼稻亚种内品种间多态性研究

为了评价亚种内杂交进行基因图位克隆的亚种内分子标记多态性水平,从水稻3K测序数据中选取了16份籼稻和16份粳稻种质资源,在全基因组水平对亚种内和亚种间的多态性进行了比较.结果表明,全基因组水平的亚种内多态性只有亚种间多态性的1/2～1/3,但是,由于整个基因组上多态性标记数量极大,亚种内的多态性标记仍较为丰富.在所选取的种质资源中,籼稻亚种内不同的种质资源间平均含有108850个InDels和650797个SNP,每Mb区间内SNP/InDel的密度达到280～2614个.粳稻亚种内不同种质资源间平均含有57384个InDels和639927个SNP,每Mb区间内SNP/InDel的密度达到520～3201个.这样的标记密度对于基因克隆来说足够丰富,增加了亚种内杂交构建分离群体克隆基因的可能性.