合作猪IFN-ε基因克隆及生物信息学分析

旨在克隆合作猪干扰素ε(Interferon epsilon,IFN-ε)基因,并对其结构和编码蛋白进行生物信息学分析,为进一步研究合作猪IFN-ε生物学功能提供参考.根据GenBank上公布的猪IFN-ε基因序列(登录号:NM_001105310.1)设计引物,PCR扩增及测序获得合作猪IFN-e基因完整编码区序列(Coding sequence,CDS),并对其进行生物信息学分析.结果 显示,合作猪IFN-ε基因编码区长582 bp,编码193个氨基酸.该基因编码区序列与杜洛克猪、人、小鼠、黑猩猩、狗、瘤牛、蒙古野马、山羊和绵羊的同源性分别为98.4％、77.7％、56.8％、78.2％、76.5％、87.0％、85.5％、85.0％和86.0％;系统进化树结果表明,合作猪与瘤牛、蒙古野马、绵羊、山羊亲缘关系较近.此外,在合作猪IFN-ε基因CDS上共发现3个碱基突变,均为错义突变.氨基酸序列分析表明,合作猪IFN-ε蛋白分子式为C1027 H1630 N278 O290 S10,理论分子质量为22.83 ku,等电点(pI)为8.43,属于碱性蛋白;平均亲水系数为-0.240,属于亲水蛋白质;IFN-ε蛋白无跨膜结构,存在信号肽序列,属于分泌型蛋白;IFN-ε蛋白只包含1个超家族保守结构域,即IFab结构域.二级结构分析表明,该蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、β-转角和延伸链所占比例分别为61.66％、30.05％、3.11％和5.18％.