甜菜夜蛾核多角体病毒VP39基因的克隆与生物信息学分析

VP39是杆状病毒核衣壳主要结构蛋白基因,为研究VP39在杆状病毒生活周期中的可能作用,用PCR方法克隆得到甜菜夜蛾核多角体病毒(Spodoptera exigua multicapsid nucle-opolyhedrovirus,SeMNPV)VP39全长基因(Sevp39),将其克隆至pMD18-T载体上,获得重组质粒T-Sevp39,进行序列测定和生物信息学分析.序列测定结果表明:扩增序列大小为981bp,与GenBank登录序列(Genbank accession No.NC_002169)核苷酸同源性99.9％,第308位的碱基由G突变成T.序列分析表明:Sevp39编码蛋白(Sevp39)有多个可能的N-糖基化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪氨酸激酶磷酸化位点和1个N-豆蔻酰化位点.蛋白序列比对结果表明:Sevp39与绝大部分杆状病毒VP39的序列相似性均大于30％,在Sevp39同源蛋白中有6个高度保守的半胱氨酸残基(Cys).蛋白质二级结构预测结果显示:Sevp39可能形成7个α螺旋和14个β折叠,高度保守的Cys17参与了β折叠的形成.上述结果为研究Sevp39在病毒入侵和病毒复制过程中所担负的功能奠定了实验基础.