The completegenomic analysis of genotype 4 human astrovirus HASIVgz01 in Guangzhou

目的 探讨广州地区儿童感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型.方法参考GenBank上的星状病毒基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增星状病毒基因组,克隆于T载体上,序列测定,用ClustalW和DNAStar软件分析基因组序列.结果 星状病毒HASTVgz01全基因组为6721 bp,提交到GenBank上的序列号为DQ344027,其中5\u0027端非编码区(5\u0027UTR)长82bp,3\u0027端非编码区末端长81bp,病毒基因组编码区全长6558个核苷酸,分别编码ORF1a、ORF1b、ORF2,ORF1a基因长2763bp(83～2845 nt),ORF1b基因长1557bp(2785～4332 nt),其中ORF1a、ORF1b两基因有71个核苷酸的重叠区;ORF2全长2316nt,位于基因组中4325～6640 nt.ASTVgz01与GenBank中8种基因型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列同源性比较发现,HASTVgz01与4型的同源性为93%,其他的同源性在61%～70%之间.结论广州地区儿童腹泻感染的星状病毒HASTVgz01全基因组为6721bp,GenBank序列号为DQ344027,HASTVgz01与4型星状病毒的ORF2基因氨基酸序列比较同源性为最高,确认HASTVgz01是4型星状病毒。