诺如病毒GⅡ.4型济南JN010株基因组特征分析

目的 分析诺如病毒(Novirus,NoV) GⅡ.4型济南JN010株基因组序列及其特征.方法 根据文献并结合PrimerSelect软件设计7对引物,利用RT-PCR方法获得NoV济南JN010株全基因组序列,应用Lasergene7.1、MEGA5.2等软件对基因组序列进行遗传进化、同源比对分析,建立ORF1及ORF2基因系统进化树.并根据VP1氨基酸序列进行突变分析.结果 NoV JN010株基因组序列全长7 516 bp,为GⅡ.Pe/GⅡ.4基因型,属于GⅡ.4 Sydney 2012变异株.突变位点主要发生在VP1的P2区,其中抗原表位A及与组织血型抗原(histo-blood group antigens,HBGAs)结合位点A处发生R297H突变,毗邻抗原表位A位点发生I293N和H373N突变.根据ORF1基因序列,JN010株与日本Osaka源病毒株(GenBank登录号LC066046)亲缘关系较近;根据ORF2基因序列,与广东中山源病毒株(GenBank登录号KY407064)亲缘关系较近.结论 NoV JN010株VP1在抗原表位A及与HBGAs结合位点发生突变,可能影响其抗原性及与HBGAs结合的特异性.