从临床呼吸道样本直接扩增人冠状病毒OC43全基因组序列方法研究

目的 针对普通人冠状病毒(human coronavirus,HCoV)基因组较大、难以分离培养的特点,建立无需分离、直接从微量临床呼吸道样本中扩增HCoV-OC43全基因组序列的PCR方法.方法 从HCoV-OC43检测阳性的鼻咽洗液样本中提取核酸,用逆转录的方法获得病毒cDNA,根据GenBank中HCoV-OC43序列设计一整套合成扩增引物,根据样本PCR扩增结果进行引物序列和扩增条件的优化,序列测定后进行拼接和序列特点分析.结果 建立了基于普通PCR方法的HCoV-OC43全基因组序列扩增体系,利用200μl呼吸道样本可完成全基因组序列的扩增和验证,并成功从60份临床样本中获得40株全基因组序列.结论 所建立方法可利用微量呼吸道样本获取HCoV-OC43病毒全基因组序列,为系统分析HCoV-OC43的基因组变异和进化特征提供了简单易行的技术方法.