Genotype quality control with plinkQC

semanticscholar（2019）

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摘要

Step-by-step 8 Individuals with discordant sex information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 Individuals with outlying missing genotype and/or heterozygosity rates . . . . . . . . . . . . . . . 9 Related individuals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 Individuals of divergent ancestry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 Markers with excessive missingness rate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 Markers with deviation from HWE . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 Markers with low minor allele frequency . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14

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