中国轮状病毒非结构蛋白NSP4基因变异特征的分析

目的研究我国轮状病毒流行株NSP4基因的变异特点.方法对近年来从我国不同地区获得的27份人轮状病毒流行株的NSP4基因用RT-PCR进行扩增,克隆后进行全长cDNA序列分析,并利用Clustal×1.8,TreeView32及DNAStar软件与参比株Wa、KUN、AU-1、EW及来自GenBank的OSU、SA11、Hochi、US244、Bristol株的NSP4序列进行分析比较.采用PCR分型方法对VP7血清型进行鉴定,确定轮状病毒G型与NSP4基因型的关系.结果氨基酸同源性比较表明,我国轮状病毒不同流行株NSP4之间同源性为81.7%～99.4%,据此可将27株RV NSP4分为2组,分别以Wa株和KUN株为代表,其中以Wa组为主.组内同源性分别为92.0%～99.4%和92.0%～98.9%,组内变异率分别为0～8.5%及1.2%～8.5%.两组间变异率达16.6%～21.0%.氨基酸进化树提示在Wa组内包括3个亚组.轮状病毒G血清型与NSP4基因型之间的联系不确定.结论我国流行株NSP4基因主要可分为Wa组和KUN组,在Wa组内可形成三个亚组,并且在高变区有特征性的氨基酸位点.NSP4的变异与年份有关而与地域关系不密切.