地黄microRNAs和靶基因的生物信息学预测及验证

目的 拟利用地黄Rehmannia glutinosa EST数据通过生物信息学手段预测新的地黄microRNAs (miRNA),为今后地黄miRNA的生物学研究奠定基础.方法 根据miRNA家族在不同物种中的保守性,将miRBase数据库中的已知植物miRNA与通过高通量测序获得的93 172条地黄EST序列进行同源比对,按照miRNA前体应具备的标准进行筛选.结果 预测到分属于8个家族的8条潜在地黄miRNA序列,并通过实时荧光定量PCR对8条预测的miRNA进行了检测,证实8条miRNA在地黄中真实存在.随后利用软件对8条地黄miRNA的靶基因进行预测,发现其靶基因主要编码与地黄生长发育、代谢以及胁迫响应等过程相关的蛋白.结论 新预测的地黄miRNA及其靶基因为今后研究它们在地黄中的生物学功能奠定了基础.