基于癌症和肿瘤基因图谱筛选低级别胶质瘤中潜在抑癌基因的研究

目的:基于癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)计划数据库的胶质瘤标本信息，探讨较低级别胶质瘤标本中相对低表达的基因与患者预后的关系。方法:在TCGA数据库中选取678例胶质瘤患者[包括低级别胶质瘤(LGG)患者512例，胶质瘤母细胞瘤(GBM)166例]的698例胶质瘤标本[包括LGG患者529例，GBM169例]以及5例正常脑组织，分析其基因表达水平数据以及患者的临床资料。用R软件分析筛选在肿瘤中低表达的基因，对其进行基因注释和基因功能富集分析，用STRING和蛋白交互作用分析(Cytoscape)软件构建蛋白相互作用网络，以R软件根据基因表达水平结合患者的临床资料进行生存分析。结果:在正常脑组织和胶质瘤标本、LGG和GBM组织均低表达的基因为155个；蛋白互相作用关系中连通性值最大的前20位基因中，得到12个基因的功能富集数据，谷氨酸离子型受体NMDA可能为重要的肿瘤生长信号通路之一。生存分析结果显示，12个基因中有7个基因与患者的生存预后改善有关，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:基于TCGA挖掘数据是一种有效的探索肿瘤抑癌基因的生物信息手段；谷氨酸离子型受体(NMDA)家族可能与胶质瘤的生长和预后明显相关。