北京地区应用ACMG指南在长QT综合征变异分析中的一致性评估

目的 调查北京地区临床基因筛查机构依据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)"ACMG遗传变异分类标准与指南"对长QT综合征(LQTS)基因KCNH2和SCN5A变异解读一致性的现状.方法 4个北京地区临床基因筛查机构分别对来自发表于JAMA上确诊LQTS患者以及偶然发现的16个KCNH2和SCN5A变异,依据ACMG指南进行变异致病性评估,并提供解读变异分类的证据级别,应用Krippendorff α信度分析方法对机构间变异分析的一致性进行检验.结果 4家机构均对所有的变异做出致病性判定,并提供判定依据.对确诊LQTS患者的8个变异评估,解读的一致性仅为1/8,α检验系数为-0.01;对偶然发现的8个变异评估,解读的一致性为4/8,α检验系数为0.407.对4个评估差异较大变异的证据分析显示,4家机构对文献搜索结果不一致以及对同一证据强度等级主观评估不一致.结论 北京地区临床基因筛查机构依据ACMG指南对LQTS基因变异致病性评估的一致性较差,这将影响到LQTS患者的临床处理.临床基因筛查机构的基因变异致病性解读的规范化亟待提高.