川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发

Can YUAN,Fang PENG,Ze-mao YANG,Wen-juan ZHONG,Fang-sheng MOU,Yi-yun GONG,Pei-cheng JI,De-qiang PU,Hai-yan HUANG,Xiao YANG,Chao ZHANG

Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica（2017）

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摘要

该研究通过组装川芎根转录组数据获得24 422个unigene,随后对得到的unigene进行了SSR检测,共检测到 4 073个SSR位点.对检测到的EST-SSR进行特征分析,结果显示单核苷酸重复最多,占41.0%.SSR所在序列功能注释结果显示在Nr中有2 201条序列能够被注释,同时SSR所在序列还被注释到49个GO分类和242个KEGG代谢通路中.利用SSR检测结果进行了EST-SSR标记开发,合成其中235对引物进行验证,74对扩增效果较好.利用74对EST-SSR引物对34个川芎资源进行遗传多样性分析,结果显示收集的川芎资源多样性较好,UPGMA聚类显示川芎资源分为两大类,聚类结果表现出一定的地域性,PCoA分析与UPGMA聚类结果类似.该研究首次对川芎进行EST-SSR分析和标记开发,对推动川芎资源遗传多样性研究、品种纯度检测、基因定位和分子育种等具有重要意义.

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关键词

EST-SSR,Ligusticum chuanxiong,development of molecular marker,functional annotation,genetic diversity

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